徐福游历东瀛，在九州岛遇见了被困人间的女娲族人卑弥呼，遂接受使命，帮卑弥呼带去三千童男童女，寻找五色神龙血脉，修复受损元胎，助其重返天界。
　　卑弥呼因始终找不到白色血脉，于是驱逐所有男子，在九州岛建女儿国邪马台，被赶走的男子则征服本州岛等地，建立东瀛国，每年进贡邪马台大量物品。
　　数百年后，东瀛水师在白江口海战中被大唐水师全歼，天皇扩张计划失败，白白耗费大量物力财力，以至于岁贡连年减少，为了避免邪马台兴师问罪，同时摆脱附属国的地位，天皇试图推翻卑弥呼的统治，于是派阴阳师阿倍御之介前往中原寻找帕莎神器光明神杖，意图以神器来对付卑弥呼，阿倍御之介与帕莎拜火教女祭司苏莱娅取得联络，一同寻找神杖，同时设下圈套，怂恿几位王爷起兵造反对抗武则天，试图挑起大唐内乱，东瀛趁机出兵，从中得利。
　　狄仁杰察觉一系列阴谋，与李元芳等人一同追查事情的真相……